A exclusão de documento no SEI só é possível sob as seguintes condições:

1. qualquer documento só pode ser excluído pelos membros da unidade geradora do documento;
2. podem ser excluídos os documentos não assinados, mesmo que esteja em um bloco de assinatura, pois o documento não assinado no SEI é considerado uma minuta ou rascunho;
3. podem ser excluídos os documentos assinados com a caneta amarela  , pois esta indica que o documento ainda não foi visualizado por membro de outra unidade, mesmo quando o processo já tenha sido tramitado para outra unidade,
4. não podem ser excluídos os documentos internos caso já tenham sido tramitados e visualizados por membro de outra unidade;
5. não podem ser excluídos os documentos externos, caso já tenham sido tramitados e visualizados por membro de outras unidades
6. o registro de documentos excluídos e o histórico da operação fica disponível na consulta ao andamento do processo.
7. os documentos excluídos deixam de aparecer na árvore de documentos do processo.
8. a numeração sequencial do tipo de documento excluído será mantida incluindo o número do documento excluído, ou seja, o número não pode ser reutilizado no documento seguinte. Ex. Se o documento nº 2 foi excluído, o próximo será o nº 3 e o 2 ficará perdido.
9. Caso o botão de excluir não apareça, pode ser que o documento não seja passível de exclusão ou que o processo esteja concluído e precisa ser reaberto possibilitando a exclusão.

Para excluir um documento, fazer o seguinte:

1. Clicar sobre o nome/número do documento na árvore
2. Clicar no botão "Excluir"