A implantação do SEI apresenta benefícios para o serviço público e para o cidadão, entre os quais podemos destacar:

• reduzir a tramitação dos procedimentos em meio físico;
• integrar sistemas de processo eletrônico de outros órgãos e entidades da Administração Pública Federal;
• melhorar a gestão, otimizar fluxos de trabalho e racionalizar despesas administrativas;
• garantir a qualidade e confiabilidade dos dados e das informações disponíveis;
• proporcionar maior ganho de produtividade e celeridade na tramitação de processos;
• promover a satisfação do público usuário;
• assegurar a eficiência, a eficácia e a efetividade da ação governamental e promover a adequação entre meios, ações, impactos e resultados;
• promover a utilização de meios eletrônicos para a realização dos processos administrativos com segurança, transparência e economicidade;
• ampliar a sustentabilidade ambiental com o uso da tecnologia da informação e da comunicação; e
• facilitar o acesso do cidadão às instâncias administrativas.